1、處理劑量
作為消毒的處理劑量，包括兩個因素，一是強度，二是時間。在熱力消毒中，強度是指溫度；在化學消毒中，強度是指藥物濃度；在紫外線消毒中，強度是指輻射強度。時間，是指所使用的處理方法對微生物的作用時間。一般來說，強調越高，微生物就越容易死亡；時間越長，微生物遭到殺滅的機率也越大。
2、微生物的污染程度
微生物污染程度越嚴重，消毒就越困難。原因是：1、作用時間延長；2、消耗藥物增加；3、微生物彼此重疊，加強了機械保護作用；4、耐力強的個體隨之增多。
3、溫度與濕度
消毒毛巾洗滌設備除熱力消毒完全依靠溫度來殺滅微生物外，其他各種消毒方法均不同程度受溫度變化的影響。一般來說，無論在物理或化學消毒中溫度越高效果越好，但也有少數例外，如電離輻射滅菌，較高溫度有時反而可加強細菌芽孢的耐受力。空氣中的相對濕度對熏蒸消毒影響明顯。使用環氧乙烷或甲醛消毒都是一個最合適相對濕度。濕度過高或過低，都會降低消毒效果。如用過氧乙酸熏蒸消毒，相對濕度在40%-80%時，可有較明顯的殺菌作用，其中以80%為最好。直接噴灑或干粉處理地面時，就需要有較高的濕度，才能使藥物潮解并充分發揮作用；而紫外線照射，相對濕度增高時，影響其穿透能力。
在消毒毛巾洗滌設備消毒過程中，被消毒的微生物常與其他很多物質混在一起，這些物質往往影響消毒效果。在消毒毛巾洗滌設備化學消毒中有機物本身可通過化學反應消耗一部分消毒劑。此外，對于消毒毛巾洗滌設備的化學消毒劑，還有其他具抗物質。
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